Ο Μάρκος Βαφειάδης, πρόεδρος της «Προσωρινής Δημοκρατικής Κυβέρνησης», απηύθυνε ραδιοφωνικό μήνυμα, στο οποίο πρότεινε τον τερματισμό της εμφύλιας σύρραξης, 1 Ιουνίου 1948
Την 1η Ιουνίου 1948, ο Μάρκος Βαφειάδης, πρόεδρος της «Προσωρινής Δημοκρατικής Κυβέρνησης», απηύθυνε ραδιοφωνικό μήνυμα, στο οποίο πρότεινε τον τερματισμό της εμφύλιας σύρραξης και την έναρξη διαδικασίας ειρήνευσης, προκαλώντας ποικίλες αντιδράσεις εντός και εκτός του κομμουνιστικού κινήματος.
Η πολιτική και στρατιωτική του δράση είχε ξεκινήσει ήδη από την περίοδο της Κατοχής. Τον Μάιο του 1941, δραπέτευσε από τον τόπο εξορίας του στη Γαύδο, μαζί με ομάδα συντρόφων του, και εντάχθηκε ενεργά στον αγώνα κατά της γερμανικής κατοχής. Το 1942 εξελέγη μέλος της Κεντρικής Επιτροπής του Κομμουνιστικού Κόμματος Ελλάδας (ΚΚΕ) και του ανατέθηκε η ευθύνη για τη δράση του Ελληνικού Λαϊκού Απελευθερωτικού Στρατού (ΕΛΑΣ) στην περιοχή της Μακεδονίας. Τον Οκτώβριο του 1944, εισήλθε επικεφαλής δυνάμεων του ΕΛΑΣ στη Θεσσαλονίκη, μετά την αποχώρηση των γερμανικών στρατευμάτων.
Τον Νοέμβριο του 1944 διαφώνησε με τον Άρη Βελουχιώτη, ο οποίος πρότεινε ένοπλη σύγκρουση του ΕΛΑΣ με τις βρετανικές δυνάμεις. Κατά τη διάρκεια των Δεκεμβριανών στην Αθήνα (Δεκέμβριος 1944 – Ιανουάριος 1945), οι δυνάμεις του ΕΛΑΣ υπό τον Βαφειάδη στη Θεσσαλονίκη δεν ενεπλάκησαν σε συγκρούσεις με τα βρετανικά στρατεύματα. Το 1946 προέκυψε νέα διαφωνία, αυτή τη φορά με τον γενικό γραμματέα του ΚΚΕ, Νίκο Ζαχαριάδη, σχετικά με την επιλογή της ένοπλης σύγκρουσης ως στρατηγική επιλογή.
Παρά τις διαφωνίες αυτές, η ηγεσία του Κόμματος του ανέθεσε την αποστολή οργάνωσης των πρώην μαχητών του ΕΛΑΣ, οι οποίοι διώκονταν κατά την περίοδο της λεγόμενης «Λευκής Τρομοκρατίας». Τον Οκτώβριο του 1946, σε σύσκεψη ενόπλων στελεχών του αντάρτικου, εκλέχθηκε αρχηγός του υπό συγκρότηση Δημοκρατικού Στρατού Ελλάδας (ΔΣΕ). Το 1947, αναλαμβάνει την πρωθυπουργία της νεοσύστατης Προσωρινής Δημοκρατικής Κυβέρνησης.
Κατά την περίοδο της στρατιωτικής ηγεσίας του Βαφειάδη, ο ΔΣΕ φέρεται να παρουσίασε επιχειρησιακή άνοδο, γεγονός που αποτυπώνεται και σε δηλώσεις πολιτικών παραγόντων της αντίπαλης παράταξης. Χαρακτηριστικά, ο Ευάγγελος Αβέρωφ υποστήριξε ότι κατά το έτος 1948 η εξέλιξη του Εμφυλίου Πολέμου υποδήλωνε ενδεχόμενο στρατιωτικής επικράτησης του ΔΣΕ. Παρομοίως, ο αντιστράτηγος Θρασύβουλος Τσακαλώτος φέρεται να αναγνώρισε εκ των υστέρων ότι ο Βαφειάδης υπήρξε ο ικανότερος στρατιωτικός του αντίπαλος.
Μετά από νέα στρατηγική ρήξη με τον Ζαχαριάδη, ο Βαφειάδης απομακρύνθηκε από τα καθήκοντά του και, ενώ βρισκόταν σε εξορία στη Σοβιετική Ένωση, διαγράφηκε από το ΚΚΕ. Υποστήριζε τη συνέχιση του ανταρτοπόλεμου με στόχο έναν πολιτικό συμβιβασμό που θα οδηγούσε στη λήξη του πολέμου. Η θέση του αυτή ερχόταν σε αντίθεση με την επιδίωξη του Ζαχαριάδη για μετατροπή του ΔΣΕ σε τακτικό στρατό, με τελικό στόχο την εγκαθίδρυση Λαϊκής Δημοκρατίας στην Ελλάδα. Κατά την παραμονή του στη Σοβιετική Ένωση, έλαβε το όνομα Ιβάν Βασιλίεβιτς Κουλίεφ.
